Южный Судан и эра, наступившая после 11 сентября
С наступлением нового тысячелетия военные действия в Южном Судане продолжились, несмотря на попытки администрации Клинтона наладить мирный процесс между севером и югом страны. Столкновения между войсками хартумского режима и SPLA, продолжавшиеся с 2000 по 2005 г., не принесли победы ни одной стороне, хотя борьба становилась все ожесточеннее. При администрации Буша-младшего, также призывавшей Хартум и восставших к мирным переговорам, 13 июня 2001 г. палата представителей приняла резолюцию о предоставлении Южному Судану помощи в размере 10 млн дол.
Правительство США, в 1994 и 1999 гг. поспешно предложившее начать военные действия против Сербии, чтобы помочь находящемуся в опасности мирному населению, противилось применению силы против режима в Судане. «Братство противников демократии» всегда имело большое влияние в Вашингтоне, независимо от того, какая из партий находилась у власти. Однако теракты 11 сентября изменили политический климат в Америке и в мире в целом. В 2002 г. я утверждал, что решительная американская инициатива по оказанию помощи угнетенным Судана (на юге и в других областях этой страны) будет законной и выгодной политикой. Я с радостью стал свидетелем того, как в предложенном членом палаты представителей конгресса США Томом Танкредо Законе «О мире в Судане» осуждался творившийся там геноцид. 21 октября 2002 г. президент Буш подписал этот Закон, благодаря чему содействие прекращению второй гражданской войны в Судане было закреплено законодательно, а нарушение прав человека, работорговля, использование ополчения и других сил для порабощения, а также бомбардировки районов, населенных мирными жителями, были решительно осуждены. Закон уполномочил американское правительство в 2003, 2004 и 2005 гг. выделить 100 млн дол. на помощь населению, проживающему в областях Судана, не находящихся под контролем правительства этой страны.
Режим в Хартуме наблюдал за тем, как в 2001 г. американские силы нанесли поражение «Талибану» в Афганистане, а в 2003 г. войска коалиции свергли баасистский режим Саддама. Власти в Хартуме видели, как в 2004 г. ливийский диктатор вынужден был отказаться от своих ядерных амбиций, а американо-французская дипломатия добилась принятия Резолюции СБ ООН № 1559 по Ливану. После нескольких десятилетий войны против африканских районов на юге Судана элита Омара Башира решила пойти на переговоры с силами сопротивления южан. 9 января 2005 г. в Найроби вице-президент Судана Али Омар Таха и лидер Освободительного движения суданского народа (SPLA) Джон Гаранг подписали мирный договор. Президент ЮАР Табо Мбеки взял на себя обязательство по оказанию помощи Судану от имени своей страны и от стран Африканского союза. Хартумский режим и силы сопротивления на юге Судана договорились о разделе политической власти, нефтяных богатств, объединении армий и о созыве через шесть лет референдума, в ходе которого должно быть принято решение о том, хочет ли население юга отделиться от остального Судана.
3 августа 2005 г. произошло трагическое событие: при крушении вертолета Гаранг погиб. Его заместителя по SPLM Салву Киира быстро и единодушно избрали в качестве преемника. Киир был фигурой популярной и представлял крупнейшую этническую группу – племя динка, к которому принадлежал и Гаранг.